Николаевский монастырь всегда имел на своей территории братские захоронения. Здесь же до революции хоронили и почетных верхотурцев. В советские времена, когда на территории обители размещалась колония для несовершеннолетних, все захоронения были снесены. Некоторые даже забетонированы под промплощадки. Сегодня усопших насельников монастыря хоронят на возрожденном братском кладбище. Последние могилы монахов: Пимена, Нила, Михаила, датируются временами эпидемии коронавируса, от которого они и скончались. Востановлены и старые могилы настоятелей обители за алтарем Преображенского собора. На месте захоронения почётных верхотурцев, у монастырской стены, возле игуменского корпуса, установлен поклонный крест. В самом старом на сегодняшний день храме – Преображенском соборе, где похоронены под спудом архиепископ Пермский и Верхотурский Неофит и настоятель Николаевской обители архимандрит Гавриил, установлены пямятные надгробия.