Святитель Алексий окончил свой земной путь в 1378 году и был погребен близ алтаря главного храма Чудова монастыря при большом стечении народа, в присутствии великого князя Московского Дмитрия Ивановича (будущего Донского) и его сыновей. Спустя около полувека митрополита Алексия канонизировали и обрели его мощи, которые пребывали в Чудовом монастыре вплоть до начала XX века. После закрытия и полного уничтожения обители святым мощам грозила гибель, однако, к счастью, они пережили эпоху самых серьезных гонений на Церковь и в 1947 году были помещены в Богоявленский собор в Елохове, бывший до восстановления храма Христа Спасителя кафедральным собором Москвы. Есть сведения о том, что большевики по личному распоряжению В. И. Ленина вскрывали раку с мощами Святителя Алексия. Через два года после революции верующие из Братства святителя Алексия обратились к председателю Совнаркома с просьбой отдать им мощи митрополита из Чудова монастыря. Ленин выдал резолюцию: «Т. Курский! Прошу не разрешать вывоза, а назначить вскрытие без свидетелей. Ленин». А еще через три года серебряную раку с мощами святителя вообще разобрали на части. Гроб со святыми останками митрополита Алексия Московского после разрушения Чудова монастыря перенесли в Архангельский собор Московского Кремля, а уже после Великой Отечественной войны — в Богоявленский собор в Елохове. Мощи святителя Алексия пребывают там и сейчас.