Сразу же после избрания на Петроградскую кафедру святитель заявил: «Я стою за свободную Церковь. Она должна быть чужда политики, ибо в прошлом она много от неё пострадала. И теперь накладывать новые путы на Церковь было бы большой ошибкой. Самая главная задача сейчас — это устроить и наладить нашу приходскую жизнь». В то смутное время трудно было найти человека столь далекого от политики, как митрополит Вениамин. Приступив к осуществлению своей программы, он все силы направил на защиту православного народа России от жесточайших гонений, воздвигнутых на него врагами истины Христовой. По сути, они начались в январе 1918 года после издания декрета «Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви», который на деле воспринимался властью на местах как сигнал к повсеместному уничтожению главным образом Русской Православной Церкви и её служителей, к грабежу церковного имущества. По всей стране прокатилась волна закрытия и разрушения храмов и монастырей, осквернения и уничтожения святых икон и мощей, массовых арестов, пыток, ссылок и казней епископов, священников, монахов и монахинь, мирян, лишения Церкви и её служителей материальных средств к существованию. Насилие над Церковью не прекратилось и после окончания гражданской войны. Небывалая разруха и голод, охватившие страну в 1921 году, послужили поводом для новых гонений, которые проводились под лозунгом «похода пролетариата на церковные ценности». Их изъятие в Петрограде началось в марте 1922 года. Митрополит Вениамин ни минуты не колебался в решении этого вопроса. Являя пример высокой христианской любви, он благословил передачу церковных ценностей, не имеющих богослужебного употребления, на нужды бедствующих, рассматривая это решение как исполнение своего пастырского долга. «Мы все отдадим сами», — говорил святитель. Однако к голосу Владыки Вениамина власти не посчитали нужным прислушаться. Они объявили, что ценности будут изъяты в формальном порядке как «принадлежащее государству» имущество. В городе, в некоторых церквах, уже началась их конфискация. Изъятие ценностей сопровождалось волнениями народа, но серьезных беспорядков, острых столкновений и арестов пока ещё не было. Чувствовалось приближение расправы. Её ускорило опубликованное 24 марта 1922 года в «Петроградской правде» письмо двенадцати лиц — организаторов обновленческого раскола: они обвиняли всё верное Святейшему Патриарху Тихону духовенство в сопротивлении изъятию церковных ценностей и в участии в контрреволюционном заговоре против советской власти. 29 мая 1922 года последовал арест митрополита Вениамина, а 10 июня того же года началось слушание дела, к которому было привлечено еще 86 человек. Святитель Вениамин на процессе был, как и всегда, простым, спокойным, благостным, убеждающим в невиновности других людей. Перед лицом ожидавшей его смерти он, обращаясь к трибуналу, произнес: «Я не знаю, что вы мне объявите в вашем приговоре, жизнь или смерть, но что бы вы в нём ни провозгласили, я с одинаковым благоговением обращу свои очи горе, возложу на себя крестное знамение (святитель при этом широко перекрестился) и скажу: «Слава Тебе, Господи Боже, за всё». 5 июля 1922 года трибунал объявил приговор, а в ночь с 12 на 13 августа того же года митрополит Вениамин и вместе с ним архимандрит Сергий (Шеин), миряне Юрий Новицкий и Иван Ковшаров были расстреляны на окраине Петрограда. На братском кладбище Александро-Невской Лавры воздвигнут крест над символической могилой новомучеников Российских.